Giải Mã Mê Cung - The Maze Runner xoay quanh câu chuyện về anh chàng thiếu niên Thomas, sau khi tỉnh dậy đã thấy bản thân mình bị ai đó đưa đến một vùng đất mê cung đầy rộng lớn. Tại đây, cậu không hề nhớ tên và quá khứ của mình, gia đình, bạn bè, và những thanh niên ở đây cũng có trường hợp giống hệt cậu. Dần dần Thomas thích nghi tại cuộc sống nơi đây, cậu đã được lên vị trí Runner, là những người hằng ngày tìm kiếm đường ra của mê cung. Không lâu sau, một cô gái duy nhất xuất hiện là Teresa, dần dần mọi người cùng nhau hành động tìm kiếm lối thoát ra thế giới bên ngoài.