Gia Đình Điệp Viên - Spy x Family kể về Twilight một biệt danh của siêu điệp viên, anh nhận được một nhiệm vụ tiếp cận mục tiêu có sức ảnh hưởng hòa bình trên toàn cầu. Để có thể hoàng thành nhiệm vụ, trước tiên anh phải xây dựng được một gia đình hạnh phúc làm vỏ bọc cho mình và đứua con phải được học trong một ngôi trường danh giá. Bằng một cách nào đó Twilight đã thành công kiếm được một người vợ xinh đẹp và cô con gái đáng yêu, từ đó một gia đình hạnh phúc được hình thành.